昌珠寺又名为“昌珠卓玛拉康”，意为“昌珠度母殿”，共有21个神殿，代表21个度母(观音化身)，寺中现存有一幅珍贵的珍珠唐卡，属文物珍品，整个唐卡长2米，宽1.2米，共耗珍珠26两，计29926颗，镶嵌钻石一颗，红宝石二颗，蓝宝石一颗，紫宝石0.55两，绿松石185颗，珊瑚1997颗。有红、黄、绿、黑、白等色彩，周围还装饰有祥云、鲜花、飞鸟、花瓣等。这幅唐卡是在元末明初，即帕木竹巴王朝时期，由乃东王后出资制作的“观音憩息图”，是献给孜措巴寺供养的一件珍贵图卷。昌珠寺内珍藏着许多珍贵文物，其中珍珠唐卡“观音憩息图”、“莲花生八岁等身像”、“文成公主亲手绣制的缂丝唐卡”为该寺的三大镇寺之宝。

昌珠寺系吐蕃时期第一批兴建的佛教寺庙之一，地当昌珠区治所。这儿林木葱茏，风景绝佳，古往今来一直是山南的政治经济中心之一。